Som huvudregel ska inte personnamn och personuppgifter finnas i ett kvalitetsregister utan uppgifterna ska vara pseudonymiserade/kodade. Det innebär att namn och personnummer ersatts med annan identifikation och att koden lagras på en annan plats än i registret.
Övriga personuppgifter sparas under olika tid beroende på uppgiften. Bokföringsmaterial sparas exempelvis i minst sju år i enlighet med Skatteverkets regelverk. För varje personregister måste det finnas en registeransvarig, som svarar för att registret är lagligt och förs på ett korrekt sätt. Inga uppgifter som inte behövs för registrets ändamål får sparas, och uppgifterna får inte användas till annat än det som registret är avsett för.
Denna information blir sedan tillgänglig både för vården och dosapotek. Samma information lagras när du beställer en originalförpackning för ett läkemedel som inte kan dispenseras. Informationen lagras för att det ska gå att spåra på vem som gjorde beställningen. Legitimationsregistret är även ett stödregister för Receptdepå djur och innehåller namn, veterinärnummer och personnummer för veterinärer. Uppgifterna om veterinärer används för validering av recept och kontroll av behörighet, förskrivningsrätt vid receptexpedition samt för statistikändamål. E-hälsomyndigheten är skyldig att lämna ut uppgifter i ärenden om slicka på följande sida licens till Läkemedelsverket samt till behörig personal på apotek och förskrivare som i sin verksamhet har behov av uppgifterna.
Uppgifterna skyddas av sekretess men i vissa fall kan E-hälsomyndigheten vara skyldig att lämna ut uppgifterna till andra myndigheter efter en sekretessprövning. När uppgifterna finns i myndighetens statistikverksamhet gäller dock särskilt sträng sekretess enligt 24 kap.
En licensmotivering från en förskrivare och ansökan från apoteket hålls samman elektroniskt av E-hälsomyndigheten. Syftet är att Läkemedelsverket ska kunna fatta beslut i ärenden om ansökan om licens och bevara uppgifter i sådana beslut. Elektroniskt expertstöd är ett verktyg som farmaceuterna kan använda för att granska dina recept för att du ska få en säkrare läkemedelsanvändning. Information om fullmakter sparas i fullmaktsregistret för att apoteken ska kunna kontrollera att du lämnat en fullmakt och till vem. Om du är dospatient och återkallar ditt samtycke kan du eventuellt behöva få nya recept utskrivna.